Pode o presidente interferir na orgânica do governo? Como bem lembra o
João Gonçalves, o presidente Mário Soares em 1995 achou que sim:
Em 1995, o então primeiro-ministro, no âmbito das suas competências exclusivas, propôs ao então presidente da República que, por ter sido eleito presidente do PSD em congresso, o dr. Fernando Nogueira passasse a vice-primeiro-ministro, quando ele era apenas ministro da Defesa. Soares aproveitou uma cerimónia qualquer na Batalha e chamou o ministro "à parte" para cordialmente lhe dizer que não aceitava a nova "orgânica" do governo proposta por Cavaco Silva, o primeiro-ministro.