No ensino secundário, nem o Marquês, nem o liberalismo predominantemente anti-clerical do século XIX nem a anti-clericalíssima I República (1910-26), conseguiram acabar com a influência da Igreja.###
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Por isso, existem hoje em Portugal, em concorrência neste grau de ensino, escolas públicas e privadas - e, nesta categoria, umas são religiosas e outras laicas.
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Todos os anos são elaborados rankings das Escolas Secundárias do país com base em dados fornecidos pelo Ministério da Educação. O Top 10 é invariavelmente dominado por escolas católicas:
